Index A | B | C | D | E | F | G | I | K | L | M | N | O | P | R | S | T | U | V | W | Z A Acquisition (class in AFL.agent.AcquisitionFunction) (class in AFL.agent.EI_AcquisitionFunction) (class in AFL.agent.UCB_AcquisitionFunction) AcquisitionError AcquisitionFunction (class in AFL.double_agent.AcquisitionFunction) add_exclusion() (AFL.agent.AcquisitionFunction.Acquisition method) (AFL.agent.EI_AcquisitionFunction.Acquisition method) (AFL.agent.UCB_AcquisitionFunction.Acquisition method) add_grid() (AFL.agent.xarray_extensions.CompositionTools method) (AFL.double_agent.xarray_extensions.CompositionTools method) add_to_dataset() (AFL.double_agent.PipelineOp.PipelineOp method) add_to_tiled() (AFL.double_agent.PipelineOp.PipelineOp method) AffinityPropagation (class in AFL.agent.PhaseLabeler) (class in AFL.double_agent.Labeler) AFL.agent.AcquisitionFunction module AFL.agent.EI_AcquisitionFunction module AFL.agent.Metric module AFL.agent.PhaseLabeler module AFL.agent.PhaseMap module AFL.agent.PhaseMap_pandas module AFL.agent.reduce_usaxs module AFL.agent.UCB_AcquisitionFunction module AFL.agent.util module AFL.agent.xarray_extensions module AFL.double_agent.AcquisitionFunction module AFL.double_agent.Boundary module AFL.double_agent.Extrapolator module AFL.double_agent.Generator module AFL.double_agent.Labeler module AFL.double_agent.MaskGrid module AFL.double_agent.PairMetric module AFL.double_agent.Pipeline module AFL.double_agent.PipelineContext module AFL.double_agent.PipelineOp module AFL.double_agent.plotting module AFL.double_agent.Preprocessor module AFL.double_agent.util module AFL.double_agent.xarray_extensions module AFL_DataArrayTools (class in AFL.agent.xarray_extensions) (class in AFL.double_agent.xarray_extensions) AFL_DatasetTools (class in AFL.agent.xarray_extensions) (class in AFL.double_agent.xarray_extensions) amplifier_corrections() (in module AFL.agent.reduce_usaxs) append() (AFL.agent.PhaseMap_pandas.PhaseMap method) (AFL.agent.PhaseMap_pandas.PhaseMapModel method) (AFL.agent.xarray_extensions.AFL_DatasetTools method) (AFL.double_agent.Pipeline.Pipeline method) (AFL.double_agent.xarray_extensions.AFL_DatasetTools method) apply_constraints() (AFL.agent.Metric.Metric method) (AFL.double_agent.PairMetric.PairMetric method) ArrayToVars (class in AFL.double_agent.Preprocessor) B BarycentricGrid (class in AFL.double_agent.Generator) BarycentricToTernaryXY (class in AFL.double_agent.Preprocessor) BoundaryScore (class in AFL.double_agent.Boundary) C calc_R_Q() (in module AFL.agent.reduce_usaxs) calculate() (AFL.agent.Metric.Delaunay method) (AFL.agent.Metric.Distance method) (AFL.agent.Metric.Dummy method) (AFL.agent.Metric.Metric method) (AFL.agent.Metric.MultiMetric method) (AFL.agent.Metric.Similarity method) (AFL.double_agent.AcquisitionFunction.AcquisitionFunction method) (AFL.double_agent.AcquisitionFunction.MaxValueAF method) (AFL.double_agent.AcquisitionFunction.MultimodalMask_MaxValueAF method) (AFL.double_agent.AcquisitionFunction.PseudoUCB method) (AFL.double_agent.AcquisitionFunction.RandomAF method) (AFL.double_agent.Boundary.BoundaryScore method) (AFL.double_agent.Boundary.ConcaveHull method) (AFL.double_agent.Extrapolator.DummyExtrapolator method) (AFL.double_agent.Extrapolator.Extrapolator method) (AFL.double_agent.Extrapolator.GaussianProcessClassifier method) (AFL.double_agent.Extrapolator.GaussianProcessRegressor method) (AFL.double_agent.Generator.BarycentricGrid method) (AFL.double_agent.Generator.CartesianGrid method) (AFL.double_agent.Generator.GaussianPoints method) (AFL.double_agent.Generator.Generator method) (AFL.double_agent.Labeler.AffinityPropagation method) (AFL.double_agent.Labeler.GaussianMixtureModel method) (AFL.double_agent.Labeler.SpectralClustering method) (AFL.double_agent.MaskGrid.MaskGrid method) (AFL.double_agent.PairMetric.CombineMetric method) (AFL.double_agent.PairMetric.Delaunay method) (AFL.double_agent.PairMetric.Distance method) (AFL.double_agent.PairMetric.Dummy method) (AFL.double_agent.PairMetric.PairMetric method) (AFL.double_agent.PairMetric.Similarity method) (AFL.double_agent.Pipeline.Pipeline method) (AFL.double_agent.PipelineOp.PipelineOp method) (AFL.double_agent.Preprocessor.ArrayToVars method) (AFL.double_agent.Preprocessor.BarycentricToTernaryXY method) (AFL.double_agent.Preprocessor.Destandardize method) (AFL.double_agent.Preprocessor.Extrema method) (AFL.double_agent.Preprocessor.Preprocessor method) (AFL.double_agent.Preprocessor.SavgolFilter method) (AFL.double_agent.Preprocessor.Standardize method) (AFL.double_agent.Preprocessor.Subtract method) (AFL.double_agent.Preprocessor.SubtractMin method) (AFL.double_agent.Preprocessor.SympyTransform method) (AFL.double_agent.Preprocessor.TernaryXYToBarycentric method) (AFL.double_agent.Preprocessor.VarsToArray method) (AFL.double_agent.Preprocessor.Zscale method) (AFL.double_agent.Preprocessor.ZscaleError method) calculate_metric() (AFL.agent.AcquisitionFunction.IterationCombined method) (AFL.agent.AcquisitionFunction.LowestDensity method) (AFL.agent.AcquisitionFunction.Random method) (AFL.agent.AcquisitionFunction.Variance method) (AFL.agent.EI_AcquisitionFunction.EI method) (AFL.agent.EI_AcquisitionFunction.pseudoEI method) (AFL.agent.UCB_AcquisitionFunction.pseudoUCB method) cart2ternary() (in module AFL.agent.PhaseMap_pandas) CartesianGrid (class in AFL.double_agent.Generator) centroid() (in module AFL.agent.reduce_usaxs) clean() (AFL.agent.xarray_extensions.ScatteringTools method) (AFL.double_agent.xarray_extensions.ScatteringTools method) clear_outputs() (AFL.double_agent.Pipeline.Pipeline method) CombineMetric (class in AFL.double_agent.PairMetric) components (AFL.agent.PhaseMap_pandas.PhaseMap property) composition_grid() (in module AFL.agent.PhaseMap_pandas) (in module AFL.agent.util) composition_grid_ternary() (in module AFL.agent.util) compositions (AFL.agent.PhaseMap_pandas.PhaseMap property) CompositionTools (class in AFL.agent.xarray_extensions) (class in AFL.double_agent.xarray_extensions) ConcaveHull (class in AFL.double_agent.Boundary) contexts (AFL.double_agent.PipelineContext.PipelineContext attribute) copy() (AFL.agent.AcquisitionFunction.Acquisition method) (AFL.agent.EI_AcquisitionFunction.Acquisition method) (AFL.agent.Metric.Metric method) (AFL.agent.PhaseLabeler.PhaseLabeler method) (AFL.agent.PhaseMap_pandas.PhaseMap method) (AFL.agent.UCB_AcquisitionFunction.Acquisition method) (AFL.double_agent.Pipeline.Pipeline method) (AFL.double_agent.PipelineOp.PipelineOp method) D DBSCAN (class in AFL.agent.PhaseLabeler) Delaunay (class in AFL.agent.Metric) (class in AFL.double_agent.PairMetric) Destandardize (class in AFL.double_agent.Preprocessor) Distance (class in AFL.agent.Metric) (class in AFL.double_agent.PairMetric) draw() (AFL.double_agent.Pipeline.Pipeline method) draw_plotly() (AFL.double_agent.Pipeline.Pipeline method) Dummy (class in AFL.agent.Metric) (class in AFL.double_agent.PairMetric) DummyExtrapolator (class in AFL.double_agent.Extrapolator) E EI (class in AFL.agent.EI_AcquisitionFunction) exclude_previous_samples() (AFL.double_agent.AcquisitionFunction.AcquisitionFunction method) execute() (AFL.agent.AcquisitionFunction.Acquisition method) (AFL.agent.EI_AcquisitionFunction.Acquisition method) (AFL.agent.UCB_AcquisitionFunction.Acquisition method) extend() (AFL.double_agent.Pipeline.Pipeline method) extract_parameters() (in module AFL.double_agent.util) Extrapolator (class in AFL.double_agent.Extrapolator) Extrema (class in AFL.double_agent.Preprocessor) F format_plot_ternary() (in module AFL.agent.PhaseMap_pandas) G gauss2d() (in module AFL.agent.AcquisitionFunction) (in module AFL.agent.EI_AcquisitionFunction) (in module AFL.agent.UCB_AcquisitionFunction) GaussianMixtureModel (class in AFL.agent.PhaseLabeler) (class in AFL.double_agent.Labeler) GaussianPoints (class in AFL.double_agent.Generator) GaussianProcessClassifier (class in AFL.double_agent.Extrapolator) GaussianProcessRegressor (class in AFL.double_agent.Extrapolator) Generator (class in AFL.double_agent.Generator) get() (AFL.agent.xarray_extensions.CompositionTools method) (AFL.double_agent.xarray_extensions.CompositionTools method) get_context() (AFL.double_agent.PipelineContext.PipelineContext class method) get_contexts() (AFL.double_agent.PipelineContext.PipelineContext class method) get_grid() (AFL.agent.xarray_extensions.CompositionTools method) (AFL.double_agent.xarray_extensions.CompositionTools method) get_grid_old() (AFL.agent.xarray_extensions.CompositionTools method) (AFL.double_agent.xarray_extensions.CompositionTools method) get_next_sample() (AFL.agent.AcquisitionFunction.Acquisition method) (AFL.agent.EI_AcquisitionFunction.Acquisition method) (AFL.agent.UCB_AcquisitionFunction.Acquisition method) get_next_sample_passthrough() (in module AFL.agent.UCB_AcquisitionFunction) get_next_samples() (AFL.double_agent.AcquisitionFunction.AcquisitionFunction method) get_range_scaled() (AFL.agent.xarray_extensions.CompositionTools method) (AFL.double_agent.xarray_extensions.CompositionTools method) get_standard_scaled() (AFL.agent.xarray_extensions.CompositionTools method) (AFL.double_agent.xarray_extensions.CompositionTools method) graph (AFL.double_agent.Pipeline.Pipeline attribute) graph_edge_labels (AFL.double_agent.Pipeline.Pipeline attribute) I input_variables() (AFL.double_agent.Pipeline.Pipeline method) IterationCombined (class in AFL.agent.AcquisitionFunction) K KerasClassifier (class in AFL.agent.PhaseLabeler) L label() (AFL.agent.PhaseLabeler.AffinityPropagation method) (AFL.agent.PhaseLabeler.DBSCAN method) (AFL.agent.PhaseLabeler.GaussianMixtureModel method) (AFL.agent.PhaseLabeler.KerasClassifier method) (AFL.agent.PhaseLabeler.PhaseLabeler method) (AFL.agent.PhaseLabeler.SpectralClustering method) label_encoder (AFL.agent.PhaseMap_pandas.PhaseMap property) Labeler (class in AFL.double_agent.Labeler) labels (AFL.agent.PhaseMap_pandas.PhaseMap property) labels_ordinal (AFL.agent.PhaseMap_pandas.PhaseMap property) LabelTools (class in AFL.agent.xarray_extensions) (class in AFL.double_agent.xarray_extensions) lines() (AFL.agent.PhaseMap_pandas.PhaseMapView_MPL method) listify() (in module AFL.agent.Metric) (in module AFL.double_agent.util) load() (AFL.agent.PhaseMap_pandas.PhaseMap class method) LowestDensity (class in AFL.agent.AcquisitionFunction) M make_axes() (AFL.agent.PhaseMap_pandas.PhaseMapView_MPL method) make_default() (AFL.agent.xarray_extensions.LabelTools method) (AFL.double_agent.xarray_extensions.LabelTools method) make_graph() (AFL.double_agent.Pipeline.Pipeline method) make_ordinal() (AFL.agent.xarray_extensions.LabelTools method) (AFL.double_agent.xarray_extensions.LabelTools method) MaskGrid (class in AFL.double_agent.MaskGrid) MaxValueAF (class in AFL.double_agent.AcquisitionFunction) measurements (AFL.agent.PhaseMap_pandas.PhaseMap property) Metric (class in AFL.agent.Metric) module AFL.agent.AcquisitionFunction AFL.agent.EI_AcquisitionFunction AFL.agent.Metric AFL.agent.PhaseLabeler AFL.agent.PhaseMap AFL.agent.PhaseMap_pandas AFL.agent.reduce_usaxs AFL.agent.UCB_AcquisitionFunction AFL.agent.util AFL.agent.xarray_extensions AFL.double_agent.AcquisitionFunction AFL.double_agent.Boundary AFL.double_agent.Extrapolator AFL.double_agent.Generator AFL.double_agent.Labeler AFL.double_agent.MaskGrid AFL.double_agent.PairMetric AFL.double_agent.Pipeline AFL.double_agent.PipelineContext AFL.double_agent.PipelineOp AFL.double_agent.plotting AFL.double_agent.Preprocessor AFL.double_agent.util AFL.double_agent.xarray_extensions mpl_format_ternary() (in module AFL.agent.util) MultiMetric (class in AFL.agent.Metric) MultimodalMask_MaxValueAF (class in AFL.double_agent.AcquisitionFunction) N ncomponents (AFL.agent.PhaseMap_pandas.PhaseMap property) NoContextException normalize1() (AFL.agent.Metric.Metric method) (AFL.double_agent.PairMetric.PairMetric method) normalize2() (AFL.agent.Metric.Metric method) (AFL.double_agent.PairMetric.PairMetric method) O ops (AFL.double_agent.Pipeline.Pipeline attribute) output_variables() (AFL.double_agent.Pipeline.Pipeline method) P PairMetric (class in AFL.double_agent.PairMetric) PhaseLabeler (class in AFL.agent.PhaseLabeler) PhaseMap (class in AFL.agent.PhaseMap_pandas) phasemap_grid_factory() (in module AFL.agent.PhaseMap_pandas) PhaseMapModel (class in AFL.agent.PhaseMap_pandas) PhaseMapView_MPL (class in AFL.agent.PhaseMap_pandas) Pipeline (class in AFL.double_agent.Pipeline) PipelineContext (class in AFL.double_agent.PipelineContext) PipelineOp (class in AFL.double_agent.PipelineOp) plot() (AFL.agent.AcquisitionFunction.Acquisition method) (AFL.agent.EI_AcquisitionFunction.Acquisition method) (AFL.agent.PhaseMap_pandas.PhaseMap method) (AFL.agent.UCB_AcquisitionFunction.Acquisition method) (AFL.double_agent.Extrapolator.Extrapolator method) (AFL.double_agent.PipelineOp.PipelineOp method) plot_3D() (AFL.agent.xarray_extensions.CompositionTools method) (AFL.double_agent.xarray_extensions.CompositionTools method) plot_continuous() (AFL.agent.xarray_extensions.CompositionTools method) plot_discrete() (AFL.agent.xarray_extensions.CompositionTools method) plot_linlin() (AFL.agent.xarray_extensions.ScatteringTools method) (AFL.double_agent.xarray_extensions.ScatteringTools method) plot_loglog() (AFL.agent.xarray_extensions.ScatteringTools method) (AFL.double_agent.xarray_extensions.ScatteringTools method) plot_logwaterfall() (AFL.agent.xarray_extensions.ScatteringTools method) (AFL.double_agent.xarray_extensions.ScatteringTools method) plot_mask() (AFL.agent.xarray_extensions.CompositionTools method) (AFL.double_agent.xarray_extensions.CompositionTools method) plot_scatter() (AFL.agent.xarray_extensions.CompositionTools method) (AFL.double_agent.xarray_extensions.CompositionTools method) plot_scatter_mpl() (in module AFL.double_agent.plotting) plot_surface() (AFL.agent.xarray_extensions.CompositionTools method) (AFL.double_agent.xarray_extensions.CompositionTools method) plot_surface_mpl() (in module AFL.double_agent.plotting) plot_waterfall() (AFL.agent.xarray_extensions.ScatteringTools method) (AFL.double_agent.xarray_extensions.ScatteringTools method) preprocess_data() (AFL.agent.xarray_extensions.Utilities method) (AFL.double_agent.xarray_extensions.Utilities method) Preprocessor (class in AFL.double_agent.Preprocessor) print() (AFL.double_agent.Pipeline.Pipeline method) print_code() (AFL.double_agent.Pipeline.Pipeline method) prod() (AFL.agent.Metric.MultiMetric method) (AFL.double_agent.PairMetric.CombineMetric method) project() (AFL.agent.PhaseMap_pandas.PhaseMap method) pseudoEI (class in AFL.agent.EI_AcquisitionFunction) pseudoUCB (class in AFL.agent.UCB_AcquisitionFunction) PseudoUCB (class in AFL.double_agent.AcquisitionFunction) R Random (class in AFL.agent.AcquisitionFunction) RandomAF (class in AFL.double_agent.AcquisitionFunction) read() (AFL.double_agent.Pipeline.Pipeline static method) reduce_uascan() (in module AFL.agent.reduce_usaxs) remap_labels_by_count() (AFL.agent.PhaseLabeler.PhaseLabeler method) (AFL.double_agent.Labeler.Labeler method) remove_masked_data() (in module AFL.agent.reduce_usaxs) rescale_compositions() (in module AFL.agent.PhaseMap_pandas) reset_phasemap() (AFL.agent.AcquisitionFunction.Acquisition method) (AFL.agent.AcquisitionFunction.IterationCombined method) (AFL.agent.EI_AcquisitionFunction.Acquisition method) (AFL.agent.UCB_AcquisitionFunction.Acquisition method) result (AFL.double_agent.Pipeline.Pipeline attribute) S save() (AFL.agent.PhaseMap_pandas.PhaseMap method) SavgolFilter (class in AFL.double_agent.Preprocessor) scatter() (AFL.agent.PhaseMap_pandas.PhaseMapView_MPL method) scatter_ternary() (AFL.agent.PhaseMap_pandas.PhaseMapView_MPL method) ScatteringTools (class in AFL.agent.xarray_extensions) (class in AFL.double_agent.xarray_extensions) search() (AFL.double_agent.Pipeline.Pipeline method) shape (AFL.agent.PhaseMap_pandas.PhaseMap property) silhouette() (AFL.agent.PhaseLabeler.PhaseLabeler method) (AFL.double_agent.Labeler.Labeler method) Similarity (class in AFL.agent.Metric) (class in AFL.double_agent.PairMetric) size (AFL.agent.PhaseMap_pandas.PhaseMap property) slice() (AFL.agent.PhaseMap_pandas.PhaseMap method) SpectralClustering (class in AFL.agent.PhaseLabeler) (class in AFL.double_agent.Labeler) Standardize (class in AFL.double_agent.Preprocessor) Subtract (class in AFL.double_agent.Preprocessor) SubtractMin (class in AFL.double_agent.Preprocessor) sum() (AFL.agent.Metric.MultiMetric method) (AFL.double_agent.PairMetric.CombineMetric method) SympyTransform (class in AFL.double_agent.Preprocessor) T ternary2cart() (in module AFL.agent.PhaseMap_pandas) ternary_to_xy() (AFL.agent.xarray_extensions.CompositionTools method) (AFL.double_agent.xarray_extensions.CompositionTools method) (in module AFL.agent.util) TernaryXYToBarycentric (class in AFL.double_agent.Preprocessor) to_dict() (AFL.agent.Metric.Metric method) (AFL.agent.Metric.MultiMetric method) U update_encoder() (AFL.agent.PhaseMap_pandas.PhaseMap method) update_name() (AFL.agent.Metric.MultiMetric method) Utilities (class in AFL.agent.xarray_extensions) (class in AFL.double_agent.xarray_extensions) V Variance (class in AFL.agent.AcquisitionFunction) VarsToArray (class in AFL.double_agent.Preprocessor) W write() (AFL.double_agent.Pipeline.Pipeline method) Z Zscale (class in AFL.double_agent.Preprocessor) ZscaleError (class in AFL.double_agent.Preprocessor)
