Index A | B | C | D | E | F | G | H | I | K | L | M | N | O | P | R | S | T | U | V | W A Acquisition (class in AFL.agent.AcquisitionFunction) (class in AFL.agent.EI_AcquisitionFunction) (class in AFL.agent.UCB_AcquisitionFunction) add_exclusion() (AFL.agent.AcquisitionFunction.Acquisition method) (AFL.agent.EI_AcquisitionFunction.Acquisition method) (AFL.agent.UCB_AcquisitionFunction.Acquisition method) add_grid() (AFL.agent.xarray_extensions.CompositionTools method) add_to_dataset() (AFL.double_agent.PipelineOp.PipelineOp method) add_to_tiled() (AFL.double_agent.PipelineOp.PipelineOp method) AffinityPropagation (class in AFL.agent.PhaseLabeler) AFL.agent.AcquisitionFunction module AFL.agent.EI_AcquisitionFunction module AFL.agent.GaussianProcess module AFL.agent.HscedGaussianProcess module AFL.agent.Metric module AFL.agent.PhaseLabeler module AFL.agent.PhaseMap module AFL.agent.PhaseMap_pandas module AFL.agent.reduce_usaxs module AFL.agent.UCB_AcquisitionFunction module AFL.agent.util module AFL.agent.WatchDog module AFL.agent.xarray_extensions module AFL.double_agent.Extrapolator module AFL.double_agent.Generator module AFL.double_agent.Pipeline module AFL.double_agent.PipelineContext module AFL.double_agent.PipelineOp module AFL.double_agent.util module AFL_DataArrayTools (class in AFL.agent.xarray_extensions) AFL_DatasetTools (class in AFL.agent.xarray_extensions) amplifier_corrections() (in module AFL.agent.reduce_usaxs) append() (AFL.agent.PhaseMap_pandas.PhaseMap method) (AFL.agent.PhaseMap_pandas.PhaseMapModel method) (AFL.agent.xarray_extensions.AFL_DatasetTools method) (AFL.double_agent.Pipeline.Pipeline method) apply_constraints() (AFL.agent.Metric.Metric method) B BarycentricGrid (class in AFL.double_agent.Generator) C calc_R_Q() (in module AFL.agent.reduce_usaxs) calculate() (AFL.agent.Metric.Delaunay method) (AFL.agent.Metric.Distance method) (AFL.agent.Metric.Dummy method) (AFL.agent.Metric.Metric method) (AFL.agent.Metric.MultiMetric method) (AFL.agent.Metric.Similarity method) (AFL.double_agent.Extrapolator.DummyExtrapolator method) (AFL.double_agent.Extrapolator.Extrapolator method) (AFL.double_agent.Extrapolator.GaussianProcessClassifier method) (AFL.double_agent.Extrapolator.GaussianProcessRegressor method) (AFL.double_agent.Generator.BarycentricGrid method) (AFL.double_agent.Generator.CartesianGrid method) (AFL.double_agent.Generator.GaussianPoints method) (AFL.double_agent.Generator.Generator method) (AFL.double_agent.Generator.RandomBoundedSimplex method) (AFL.double_agent.Pipeline.Pipeline method) (AFL.double_agent.PipelineOp.PipelineOp method) calculate_metric() (AFL.agent.AcquisitionFunction.IterationCombined method) (AFL.agent.AcquisitionFunction.LowestDensity method) (AFL.agent.AcquisitionFunction.Random method) (AFL.agent.AcquisitionFunction.Variance method) (AFL.agent.EI_AcquisitionFunction.EI method) (AFL.agent.EI_AcquisitionFunction.pseudoEI method) (AFL.agent.UCB_AcquisitionFunction.pseudoUCB method) cart2ternary() (in module AFL.agent.PhaseMap_pandas) CartesianGrid (class in AFL.double_agent.Generator) centroid() (in module AFL.agent.reduce_usaxs) clean() (AFL.agent.xarray_extensions.ScatteringTools method) clear_outputs() (AFL.double_agent.Pipeline.Pipeline method) components (AFL.agent.PhaseMap_pandas.PhaseMap property) composition_grid() (in module AFL.agent.PhaseMap_pandas) (in module AFL.agent.util) composition_grid_ternary() (in module AFL.agent.util) compositions (AFL.agent.PhaseMap_pandas.PhaseMap property) CompositionTools (class in AFL.agent.xarray_extensions) construct_data() (AFL.agent.GaussianProcess.GP method) (AFL.agent.HscedGaussianProcess.GPR method) contexts (AFL.double_agent.PipelineContext.PipelineContext attribute) copy() (AFL.agent.AcquisitionFunction.Acquisition method) (AFL.agent.EI_AcquisitionFunction.Acquisition method) (AFL.agent.Metric.Metric method) (AFL.agent.PhaseLabeler.PhaseLabeler method) (AFL.agent.PhaseMap_pandas.PhaseMap method) (AFL.agent.UCB_AcquisitionFunction.Acquisition method) (AFL.double_agent.Pipeline.Pipeline method) (AFL.double_agent.PipelineOp.PipelineOp method) D dataset_to_botorch_candidates() (in module AFL.double_agent.util) dataset_to_botorch_training_data() (in module AFL.double_agent.util) DBSCAN (class in AFL.agent.PhaseLabeler) Delaunay (class in AFL.agent.Metric) Distance (class in AFL.agent.Metric) draw() (AFL.double_agent.Pipeline.Pipeline method) draw_plotly() (AFL.double_agent.Pipeline.Pipeline method) Dummy (class in AFL.agent.Metric) DummyExtrapolator (class in AFL.double_agent.Extrapolator) DummyGP (class in AFL.agent.GaussianProcess) (class in AFL.agent.HscedGaussianProcess) E EI (class in AFL.agent.EI_AcquisitionFunction) evaluate_log_expected_improvement() (in module AFL.double_agent.util) evaluate_qlog_expected_improvement() (in module AFL.double_agent.util) execute() (AFL.agent.AcquisitionFunction.Acquisition method) (AFL.agent.EI_AcquisitionFunction.Acquisition method) (AFL.agent.UCB_AcquisitionFunction.Acquisition method) extend() (AFL.double_agent.Pipeline.Pipeline method) extract_parameters() (in module AFL.double_agent.util) Extrapolator (class in AFL.double_agent.Extrapolator) F FileChangeHandler (class in AFL.agent.WatchDog) fit_single_task_gp() (in module AFL.double_agent.util) format_plot_ternary() (in module AFL.agent.PhaseMap_pandas) from_json() (AFL.double_agent.PipelineOp.PipelineOp class method) G gauss2d() (in module AFL.agent.AcquisitionFunction) (in module AFL.agent.EI_AcquisitionFunction) (in module AFL.agent.UCB_AcquisitionFunction) GaussianMixtureModel (class in AFL.agent.PhaseLabeler) GaussianPoints (class in AFL.double_agent.Generator) GaussianProcessClassifier (class in AFL.double_agent.Extrapolator) GaussianProcessRegressor (class in AFL.double_agent.Extrapolator) Generator (class in AFL.double_agent.Generator) get() (AFL.agent.xarray_extensions.CompositionTools method) get_context() (AFL.double_agent.PipelineContext.PipelineContext class method) get_contexts() (AFL.double_agent.PipelineContext.PipelineContext class method) get_grid() (AFL.agent.xarray_extensions.CompositionTools method) get_grid_old() (AFL.agent.xarray_extensions.CompositionTools method) get_next_sample() (AFL.agent.AcquisitionFunction.Acquisition method) (AFL.agent.EI_AcquisitionFunction.Acquisition method) (AFL.agent.UCB_AcquisitionFunction.Acquisition method) get_next_sample_passthrough() (in module AFL.agent.UCB_AcquisitionFunction) get_observed_best_f() (in module AFL.double_agent.util) get_range_scaled() (AFL.agent.xarray_extensions.CompositionTools method) get_standard_scaled() (AFL.agent.xarray_extensions.CompositionTools method) GP (class in AFL.agent.GaussianProcess) GPR (class in AFL.agent.HscedGaussianProcess) graph (AFL.double_agent.Pipeline.Pipeline attribute) graph_edge_labels (AFL.double_agent.Pipeline.Pipeline attribute) H HeteroscedasticGaussian (class in AFL.agent.HscedGaussianProcess) I import_botorch() (in module AFL.double_agent.util) input_variables() (AFL.double_agent.Pipeline.Pipeline method) IterationCombined (class in AFL.agent.AcquisitionFunction) K KerasClassifier (class in AFL.agent.PhaseLabeler) L label() (AFL.agent.PhaseLabeler.AffinityPropagation method) (AFL.agent.PhaseLabeler.DBSCAN method) (AFL.agent.PhaseLabeler.GaussianMixtureModel method) (AFL.agent.PhaseLabeler.KerasClassifier method) (AFL.agent.PhaseLabeler.PhaseLabeler method) (AFL.agent.PhaseLabeler.SpectralClustering method) label_encoder (AFL.agent.PhaseMap_pandas.PhaseMap property) labels (AFL.agent.PhaseMap_pandas.PhaseMap property) labels_ordinal (AFL.agent.PhaseMap_pandas.PhaseMap property) LabelTools (class in AFL.agent.xarray_extensions) lines() (AFL.agent.PhaseMap_pandas.PhaseMapView_MPL method) listify() (in module AFL.agent.Metric) (in module AFL.double_agent.util) load() (AFL.agent.PhaseMap_pandas.PhaseMap class method) LowestDensity (class in AFL.agent.AcquisitionFunction) M make_axes() (AFL.agent.PhaseMap_pandas.PhaseMapView_MPL method) make_default() (AFL.agent.xarray_extensions.LabelTools method) make_graph() (AFL.double_agent.Pipeline.Pipeline method) make_ordinal() (AFL.agent.xarray_extensions.LabelTools method) make_simplex_constraints() (in module AFL.double_agent.util) measurements (AFL.agent.PhaseMap_pandas.PhaseMap property) Metric (class in AFL.agent.Metric) module AFL.agent.AcquisitionFunction AFL.agent.EI_AcquisitionFunction AFL.agent.GaussianProcess AFL.agent.HscedGaussianProcess AFL.agent.Metric AFL.agent.PhaseLabeler AFL.agent.PhaseMap AFL.agent.PhaseMap_pandas AFL.agent.reduce_usaxs AFL.agent.UCB_AcquisitionFunction AFL.agent.util AFL.agent.WatchDog AFL.agent.xarray_extensions AFL.double_agent.Extrapolator AFL.double_agent.Generator AFL.double_agent.Pipeline AFL.double_agent.PipelineContext AFL.double_agent.PipelineOp AFL.double_agent.util mpl_format_ternary() (in module AFL.agent.util) MultiMetric (class in AFL.agent.Metric) N ncomponents (AFL.agent.PhaseMap_pandas.PhaseMap property) NoContextException normalize1() (AFL.agent.Metric.Metric method) normalize2() (AFL.agent.Metric.Metric method) O on_modified() (AFL.agent.WatchDog.FileChangeHandler method) ops (AFL.double_agent.Pipeline.Pipeline attribute) optimization_bounds_to_tensor() (in module AFL.double_agent.util) optimization_bounds_to_xarray() (in module AFL.double_agent.util) optimize() (AFL.agent.GaussianProcess.GP method) (AFL.agent.HscedGaussianProcess.GPR method) optimize_acquisition_function() (in module AFL.double_agent.util) optimize_posterior_mean() (in module AFL.double_agent.util) output_variables() (AFL.double_agent.Pipeline.Pipeline method) P PhaseLabeler (class in AFL.agent.PhaseLabeler) PhaseMap (class in AFL.agent.PhaseMap_pandas) phasemap_grid_factory() (in module AFL.agent.PhaseMap_pandas) PhaseMapModel (class in AFL.agent.PhaseMap_pandas) PhaseMapView_MPL (class in AFL.agent.PhaseMap_pandas) Pipeline (class in AFL.double_agent.Pipeline) PipelineContext (class in AFL.double_agent.PipelineContext) PipelineOp (class in AFL.double_agent.PipelineOp) plot() (AFL.agent.AcquisitionFunction.Acquisition method) (AFL.agent.EI_AcquisitionFunction.Acquisition method) (AFL.agent.PhaseMap_pandas.PhaseMap method) (AFL.agent.UCB_AcquisitionFunction.Acquisition method) (AFL.double_agent.Extrapolator.Extrapolator method) (AFL.double_agent.PipelineOp.PipelineOp method) plot_3D() (AFL.agent.xarray_extensions.CompositionTools method) plot_continuous() (AFL.agent.xarray_extensions.CompositionTools method) plot_discrete() (AFL.agent.xarray_extensions.CompositionTools method) plot_linlin() (AFL.agent.xarray_extensions.ScatteringTools method) plot_loglog() (AFL.agent.xarray_extensions.ScatteringTools method) plot_logwaterfall() (AFL.agent.xarray_extensions.ScatteringTools method) plot_mask() (AFL.agent.xarray_extensions.CompositionTools method) plot_scatter() (AFL.agent.xarray_extensions.CompositionTools method) plot_surface() (AFL.agent.xarray_extensions.CompositionTools method) plot_waterfall() (AFL.agent.xarray_extensions.ScatteringTools method) posterior_to_xarray() (in module AFL.double_agent.util) predict() (AFL.agent.GaussianProcess.DummyGP method) (AFL.agent.GaussianProcess.GP method) (AFL.agent.HscedGaussianProcess.DummyGP method) (AFL.agent.HscedGaussianProcess.GPR method) preprocess_data() (AFL.agent.xarray_extensions.Utilities method) print() (AFL.double_agent.Pipeline.Pipeline method) print_code() (AFL.double_agent.Pipeline.Pipeline method) prod() (AFL.agent.Metric.MultiMetric method) project() (AFL.agent.PhaseMap_pandas.PhaseMap method) pseudoEI (class in AFL.agent.EI_AcquisitionFunction) pseudoUCB (class in AFL.agent.UCB_AcquisitionFunction) R Random (class in AFL.agent.AcquisitionFunction) RandomBoundedSimplex (class in AFL.double_agent.Generator) read_json() (AFL.double_agent.Pipeline.Pipeline static method) read_pkl() (AFL.double_agent.Pipeline.Pipeline static method) reduce_uascan() (in module AFL.agent.reduce_usaxs) remap_labels_by_count() (AFL.agent.PhaseLabeler.PhaseLabeler method) remove_masked_data() (in module AFL.agent.reduce_usaxs) rescale_compositions() (in module AFL.agent.PhaseMap_pandas) reset_GP() (AFL.agent.GaussianProcess.GP method) (AFL.agent.HscedGaussianProcess.GPR method) reset_monitoring() (AFL.agent.GaussianProcess.GP method) (AFL.agent.HscedGaussianProcess.GPR method) reset_phasemap() (AFL.agent.AcquisitionFunction.Acquisition method) (AFL.agent.AcquisitionFunction.IterationCombined method) (AFL.agent.EI_AcquisitionFunction.Acquisition method) (AFL.agent.UCB_AcquisitionFunction.Acquisition method) result (AFL.double_agent.Pipeline.Pipeline attribute) S sample_bounded_simplex() (in module AFL.double_agent.Generator) save() (AFL.agent.PhaseMap_pandas.PhaseMap method) scatter() (AFL.agent.PhaseMap_pandas.PhaseMapView_MPL method) scatter_ternary() (AFL.agent.PhaseMap_pandas.PhaseMapView_MPL method) ScatteringTools (class in AFL.agent.xarray_extensions) search() (AFL.double_agent.Pipeline.Pipeline method) shape (AFL.agent.PhaseMap_pandas.PhaseMap property) silhouette() (AFL.agent.PhaseLabeler.PhaseLabeler method) Similarity (class in AFL.agent.Metric) size (AFL.agent.PhaseMap_pandas.PhaseMap property) slice() (AFL.agent.PhaseMap_pandas.PhaseMap method) SpectralClustering (class in AFL.agent.PhaseLabeler) start() (AFL.agent.WatchDog.WatchDog method) stop() (AFL.agent.WatchDog.WatchDog method) sum() (AFL.agent.Metric.MultiMetric method) T ternary2cart() (in module AFL.agent.PhaseMap_pandas) ternary_to_xy() (AFL.agent.xarray_extensions.CompositionTools method) (in module AFL.agent.util) to_dict() (AFL.agent.Metric.Metric method) (AFL.agent.Metric.MultiMetric method) (AFL.double_agent.Pipeline.Pipeline method) to_json() (AFL.double_agent.PipelineOp.PipelineOp method) transform_domain() (AFL.agent.GaussianProcess.GP method) (AFL.agent.HscedGaussianProcess.GPR method) U update_encoder() (AFL.agent.PhaseMap_pandas.PhaseMap method) update_name() (AFL.agent.Metric.MultiMetric method) Utilities (class in AFL.agent.xarray_extensions) V Variance (class in AFL.agent.AcquisitionFunction) W WatchDog (class in AFL.agent.WatchDog) write_json() (AFL.double_agent.Pipeline.Pipeline method) write_pkl() (AFL.double_agent.Pipeline.Pipeline method)
